Existen diferentes metodologías para el aislamiento e identificación de mohos y determinación de micotoxinas en semillas, granos y sus derivados de importancia agroalimentaria. Una de las metodologías más empleadas para la cuantificación e identificación de mohos es el método de siembra directa de granos enteros en placas de agar.
El tipo de medio de cultivo que se emplee dependerá de los géneros que se desea identificar, los más comunes son los extractos de papa dextrosa agar (PDA) y malta sal agar (MSA). El PDA se emplea para aislar hongos patógenos de plantas, clasificados ecológicamente como hongos de campo correspondiendo a los géneros Fusarium, Alternaria, Helminthosporium, Phoma, Epicoccum, entre otros. EL MSA es usado para cultivar hongos que requieren una alta concentración osmótica, facilitando el desarrollo principalmente de hongos de almacén como Aspergillus y Penicillium. Para la identificación a nivel de especie y estudios más específicos se requiere la utilización de medios de cultivo selectivos.
Otras metodologías de siembra empleadas para el aislamiento de mohos en granos y semillas son la del método por dilución en placas de agar y la placa de Warcup para muestras molidas, utilizados especialmente cuando las muestras están altamente contaminadas por mohos u otros microorganismos. Para la identificación de los mohos, se consideran sus características morfo-fisiológicas (fenotípicas) y se realiza de acuerdo a la metodología y claves especializadas. Las técnicas moleculares y el descubrimiento de la reacción en cadena de la polimerasa (PCR), ha permitido la identificación de hongos productores de micotoxinas que no son fáciles de distinguir por su morfología, además, de poder determinar si una cepa es productora de una o más micotoxinas en particular. La caracterización molecular se realiza mediante el análisis de la secuencia de pares de bases de la región ITS1-5.8S-ITS2.
Para la detección de micotoxinas se han empleado diferentes métodos para su cuantificación, desde los presuntivos por su fluorescencia, como en el caso de las aflatoxinas en cereales contaminados. Así como los analíticos de referencia por cromatografía de capa fina (TLC), cromatografía de líquidos de alta resolución (HPLC), cromatografía de gases (GC) y espectrometría de masas (MS). Además, de técnicas comerciales inmunológicas basadas en anticuerpos específicos policlonales y monoclonales como la de enzimoinmuno análisis de absorción (ELISA) y la de columnas de inmunoafinidad (IAC). En los últimos años se ha empleado la espectroscopia de infrarrojo cercano (NIRS).
